DynamicKit

Suche nach neuen Kombinationstherapien gegen multiresistente Tuberkulose
Suche nach neuen Kombinationstherapien gegen multiresistente Tuberkulose durch eine neue Proteomik-Technologie und künstliche Intelligenz

Tuberkulose (TB) ist die tödlichste Infektionskrankheit des Menschen und fordert jedes Jahr weltweit rund 1,5 Millionen Menschenleben. Um diese Lungenkrankheit erfolgreich zu behandeln, muss eine Mischung verschiedener Medikamente über mehrere Monate hinweg verabreicht werden. Dies ist jedoch problematisch, da die bakteriellen Erreger schnell resistent werden und selbst in behandelbaren Bakterienpopulationen hochresistente Subpopulationen nachgewiesen werden können. Um die Ausbreitung der Krankheit zu verhindern, ist es daher nicht nur notwendig, neue Antibiotika zu entwickeln, sondern auch immer wieder neue Wirkstoffkombinationen zu finden. Solche Kombinationen können bisher nur empirisch in aufwändigen klinischen Studien identifiziert werden. Neue digitale Werkzeuge in Kombination mit neuartigen Analysewerkzeugen, wie z.B. selbstlernende Algorithmen der künstlichen Intelligenz, haben das Potenzial, das Zusammenspiel verschiedener Antibiotika auf den mykobakteriellen Stoffwechsel schneller und kostengünstiger zu entschlüsseln, so dass geeignete Medikamentencocktails zur Überwindung der TB-Arzneimittelresistenz und zur Verbesserung der derzeitigen Behandlungsschemata identifiziert werden können.

Die Resistenz gegen Arzneimittel ist eine dramatische Herausforderung für die tödlichste Infektionskrankheit der Welt, die Tuberkulose (TB). In unserem Projekt verwenden wir selbstlernende Algorithmen, um die Interaktion verschiedener Medikamente in ihrer Wirkung auf den Stoffwechsel von Mykobakterien, den Erregern der Tuberkulose, zu verstehen. Auf diese Weise können wir nicht nur neue geeignete Arzneimittelkombinationen für die Tuberkulosebehandlung vorhersagen, sondern auch biologische Moleküle bestimmen, die Resistenzmechanismen widerspiegeln, so dass wir herausfinden können, wie wir dies mit Medikamenten gezielt rückgängig machen können. Dieser kombinierte Ansatz ergibt ein dringend benötigtes präklinisches Labormodell, mit dem wir die weitere Ausbreitung der Krankheit stoppen können.

Strategie und Voraussetzungen

Die Identifizierung neuer Arzneimittelkombinationen bei Tuberkulose ist sehr schwierig, da geeignete präklinische Modelle zur Vorhersage von Synergieeffekten fehlen. Dies ist ein große Herausforderung für die Wissenschaft, um den steigenden Bedarf an Therapien gerecht zu werden.

Zunächst untersuchten wir die Eigenschaften üblicher antimycobakterieller Wirkstoffe. Eine neue experimentelle Technik, die an der LMU entwickelt wurde, ermöglicht es uns, ihre Wirkungsweise, Resistenzmechanismen und Anpassungsreaktionen in noch nie dagewesener zeitlicher Auflösung zu beschreiben. Dies ermöglichte es uns die Wirkung verschiedener Antibiotika sowie auch deren Kombinationen zu charakterisieren.

Diese Analyse wird dank künstlicher Intelligenz und Systembiologie vorangetrieben. Ein besseres Verständnis des Erregers wird gewonnenen mit der Modellierung der dynamischen Daten, und ermöglichte die Entwicklung neuer Therapieansätze. Neuronale Netzwerke und Random Forests wurden trainiert um neue Medikamentenkombinationen und deren Wirkung vorherzusagen.

Ziele des Forschungsvorhabens

Unser Hauptziel war die Entwicklung neuer Therapieansätze gegen normale und resistente Tuberkulose, welches auf neuen experimentellen Methoden und künstlicher Intelligenz basiert.

Auf diese Weise wollten wir herausfinden, welche Wirkstoffe ideal zusammenpassen, um das Potential von Kombinationstherapien bei Tuberkulose auszuschöpfen. Dies könnte weniger toxische und kürzere Behandlungsschemata bieten. Darüber hinaus wollten wir neue Arzneimittelkombinationen identifizieren, die Arzneimittel-Resistente TB wirksam bekämpfen können.

Ergebnisse

DynamicKit ermöglicht erstmals die schonende Isolation und zeitaufgelöste Analyse intakter Proteine von Tuberkulose-Erregern und schafft damit eine neue Plattform zur Untersuchung ihrer molekularen Reaktionen unter Antibiotikastress. Durch die Kombination innovativer Extraktionsmethoden, hochauflösender Massenspektrometrie (MALDI-TOF und HPLC-MS), automatisierter KI-gestützter Datenanalyse und einer offenen, leistungsstarken Software-Pipeline konnten charakteristische Proteinsignaturen identifiziert werden, die den Weg zu personalisierten Therapien gegen resistente Tuberkulose ebnen. Das Projekt stärkt den Forschungs- und Pharmastandort Bayern, bindet junge Talente ein und liefert Erkenntnisse, die bereits in klinische Studien einfließen, ein entscheidender Schritt hin zu wirksameren Behandlungsstrategien weltweit.

Das Team

Die Arbeitsgruppe von PD Dr. Andreas Wieser hatte bereits eine neue Proteomik-Technologie entwickelt, die es erstmals ermöglicht neu gebildete Biomoleküle in Mykobakterien, den Erregern der Tuberkulose, über die Zeit genau zu messen. Prof. Dr. Michael Hoelscher trug mit seiner weltweit führenden Expertise auf dem Gebiet der Infektionskrankheiten und seiner Erfahrung in der Koordination von Arzneimittelstudien bei. Prof. Dr. Hoelscher’s Arbeitsgruppe ermöglichte den Zugang zu neuartigen Substanzen und Daten über klinische Studien im Bereich der Tuberkulose. Prof. Dr. Dr. Fabian Theis und Dr. Michael Menden leiteten die rechnergestützten Analysen mit künstlicher Intelligenz.

Kooperationen

Mit ihrer interdisziplinären Grundlagenforschung verbindet das Forschungsteam Expertise aus Bereichen wie Bioinformatik, Künstliche Intelligenz und Maschinelles Lernen zum Verständnis zellulärer Prozesse (F. Theis / M. Menden), Analytische Chemie, Medizinische Mikrobiologie (A. Wieser) und Tropenmedizin einschließlich Therapie bei Tuberkulose / Klinische Studien (M. Hoelscher). Dieses Projekt wird stark vom wissenschaftlichen Netzwerk von BayResQ.net profitieren.

PD Dr. Andreas Wieser
Projektleitung

Ludwig-Maximilians-Universität München
Max von Pettenkofer Institut

Prof. Dr. Dr. Fabian Theis
Projektleitung

Technische Universität München
Institut für Computational Biology
Helmholtz Zentrum München

Prof. Dr. med. Michael Hoelscher
Projektleitung

Ludwig-Maximilians-Universität München
Infektionskrankheiten und Tropenmedizin
Medizinische Fakultät

Prof. Dr. Michael Menden
Projektleitung

Ludwig-Maximilians-Universität München
Institut für Computational Biology
Helmholtz Zentrum München

Publikationen
  • Optimization of MALDI Matrices and Their Preparation for the MALDI-TOF MS Analysis of Oligonucleotides
    Dietrich, S., Dollinger, A., Wieser, A., & Haisch, C.
    Rapid Communications in Mass Spectrometry 2025; 39, issue 15: e10061; United Kingdom, John Wiley & Sons, Ltd.
  • Dynamic measurement of protein translation in mycobacteria using non-targeted stable isotope labeling in combination with MALDI-TOF mass spectrometry-based readout
    Haisch Christoph, Neumann-Cip Anna-Cathrine, Imhof Axel, Schmidt Andreas, Forne Ignasi, Hölscher Michael, Wieser Andreas
    Analytical Chemistry 2025
  • Sfaira accelerates data and model reuse in single cell genomics
    Fischer DS, Dony L, König M, Moeed A, Zappia L, Heumos L, Tritschler S, Holmberg O, Aliee H, Theis FJ
    Genome Biol 2021; 22(1): 248
  • A Novel Rapid Sample Preparation Method for MALDI-TOF MS Permits Borrelia burgdorferi Sensu Lato Species and Isolate Differentiation
    Neumann-Cip AC, Fingerle V, Margos G, Straubinger RK, Overzier E, Ulrich S, Wieser A
    Front Microbiol 2020; 11: 690
  • Deep learning: new computational modelling techniques for genomics
    Eraslan G, Avsec Ž, Gagneur J, Theis FJ
    Nat Rev Genet 2019; 20(7): 389-403
  • Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen
    Menden MP, Wang D, Mason MJ, Szalai B, Bulusu KC, Guan Y, Yu T, Kang J, Jeon M, Wolfinger R, Nguyen T, Zaslavskiy M, AstraZeneca-Sanger Drug Combination DREAM Consortium, Jang IS, Ghazoui Z, Ahsen ME, Vogel R, Neto EC, Norman T, Tang EKY, Garnett MJ, Veroli GYD, Fawell S, Stolovitzky G, Guinney J, Dry JR, Saez-Rodriguez J
    Nat Commun 2019; 10(1): 2674
Beteiligte Forschungseinrichtungen

Ludwig-Maximilians-Universität München
Max von Pettenkofer Institut

Technische Universität München
Helmholtz Zentrum München

Ludwig-Maximilians-Universität München
Infektionskrankheiten und Tropenmedizin
Medizinische Fakultät

Ludwig-Maximilians-Universität München
Institut für Computational Biology